La Asociación funciona en régimen de Asamblea Participativa, donde todos sus socios tienen voz y voto en las decisiones conjuntas, de una manera igualitaria. Las asambleas tienen una periodicidad de 15 días, y se espera que , en la medida de lo posible, todos los socios asistan y participen.

El Taller funciona de una manera abierta, donde los socios puedan llevar a cabo sus proyectos tanto de forma individual como guiados por otros socios de forma cooperativa. En este sentido, el Taller quiere promover el aprendizaje significativo con sentido constructivista, basado en la transmisión de conocimientos y el aporte colectivo, fomentando la relación entre maestro y aprendiz de una manera bidireccional.

La Asociación Taller de Marionetas de Pepe Otal es una entidad sin ánimo de lucro, autogestionada mediante sus propias actividades y las cuotas de sus socios.